短程蒸馏器的分子蒸馏是在普通蒸馏的基础上引进饱和蒸汽压和分子平均自由程的概念，将脱离液相主体的轻组份分子以较快的速度捕捉积聚，也是加热面到冷凝面的距离等于或小于轻组份分子的逸出自由程，但需要大于重组份的分子平均自由程。

为了得到好的捕捉效果，冷凝面积要大于蒸发面积，以得到分子蒸馏的目的。但由于受设备结构的影响，实际的设备不可能得到理想分子蒸馏的条件，只能接近或模拟分子蒸馏，因此我们称之为短程蒸馏器，决定其分离能力的因素有以下几个方面：

1、混合液体中轻组份从液相主体向加热面的扩散速度；

2、轻组份的饱和蒸汽压及系统的真空度；

3、轻组份分子逸出到捕捉及冷凝积聚的速度（即加热面到冷凝面的距离）。

在设备内放置内置冷凝器，使加热面与冷凝面之间的距离小于或等于轻组份的分子平均自由程，由蒸发面逸出的分子飞射及凝集到冷凝面上，使轻组份的收集积聚达较快的速度。轻组份的一瞬凝聚，不会有阻力降，因此能保障短程蒸馏器内的高真空。