1、分子蒸馏是蒸发温度比减压蒸馏更低，但是问题也是有的，首先是机理方面，比常规精馏复杂，还难以直接进行设计，需要前期实验。

　　2、常规蒸馏，主要依据不同物质的沸点与相对挥发度进行设计，但是对于分子蒸馏，分子的自由程对蒸发过程的贡献更大，因为不同物质的扩散层厚度受分子自由程的影响更大。

　　3、因此分子蒸馏是一个与常规蒸馏完全不同的过程。另外是设备结构复杂，有转动机械，也有冷却的内外筒。此外内外筒间距要求小，而在大型设备中内外筒安装的同心度是一个问题。

　　4、可有选择蒸挥发出产物，去除其它杂质，通过多级分离可同时分离2种以上的物质。

　　5、远低于物料沸点的温度下操作，而且物料停留时间短；利于高沸点、热敏及易氧化物料的分离。

　　6、有效地脱除液体中的物质如有机溶剂、臭味等。对于采用溶剂萃取后液体的脱溶是非常有效的方法。

　　7、分离程度更高，分子蒸馏能分离常规不易分开的物质。

　　8、没有沸腾鼓泡现象，分子蒸馏是液层表面上的自由蒸发，在低压力下进行，液体中无溶解的空气。

　　9、在蒸馏过程中不能使整个液体沸腾，没有鼓泡现象